A fabricação do queijo tem como produto secundário o soro do leite, um efluente de alta carga orgânica, e as águas de lavagem residuais provenientes da lavagem (águas brancas) que devem estar disponíveis. As queijarias costumam vender o seu soro para usinas de fabricação de soro em pó ou transportando às fazendas que o utilizam como complemento nutricional aos animais ou ao solo.
O tratamento dos efluentes da produção do vinho demandam de equipamentos que permitam variações importantes no volume de produção devido à sazonalidade das operações assim como o pré-tratamento das matérias sólidas.
Muitas outras aplicações de transformações alimentárias geram efluentes e resíduos orgânicos são apropriadas para o tratamento por digestão anaeróbica :
