La fabrication du fromage produit du lactosérum, un effluent à haute charge organique, et des eaux usées de lavage (eaux blanches) dont il faut disposer. Les fromageries disposent généralement de leur lactosérum soit en le vendant à des usines de fabrication de poudre de lactosérum ou en le transportant à des fermes qui l'utilisent comme ajout nutritionnel aux animaux ou aux terres.
Le traitement des effluents de la production du vin demande des équipements permettant des variations importantes dans le volume de production dû à la saisonnalité des opérations ainsi qu'au prétraitement de matières solides.
Plusieurs autres applications de transformation alimentaire générant des effluents et résidus organiques sont appropriées pour traitement par la digestion anaérobie :
